Tình trạng bất ổn, vốn âm ỉ bên trong giáo hội và đế quốc, được đẩy lên đỉnh điểm khi xảy ra việc dời ngai Giáo hoàng về Avignon, Pháp (1308-1378), và sự tranh chấp thẩm quyền giữa hai triều Giáo hoàng tồn tại song song (1378-1416) gây ra các cuộc chiến giữa các vương hầu, những cuộc nổi dậy của nông dân, và sự quan ngại ngày càng lan rộng về tình trạng thối nát của hệ thống tu viện. Chủ nghĩa dân tộc mới xuất hiện bắt đầu thách thức tính đồng nhất của thế giới đại đồng của thời kỳ trung cổ lúc bấy giờ.

Một trong những luận điểm cấp tiến và gay gắt nhất đến từ John Wycliffe thuộc Đại học Oxford, sau đó là từ Jan Hus thuộc Đại học Karl ở Praha. Giáo hội Công giáo Rô-ma kết thúc cuộc tranh luận tại Công đồng Constance (1414-1418) với án lệnh xử tử Jan Hus trên giàn hoả thiêu (dù Hus được lời hứa bảo đảm an toàn tính mạng khi đến đối chất tại công đồng), và thiêu di hài của Wycliffe như một án phạt dành cho kẻ dị giáo.

Bất kể những nỗ lực nhằm xác định rõ ràng và củng cố các khái niệm truyền thống thời trung cổ về giáo hội và đế quốc, Công đồng Constance đã không nhận diện được tình trạng căng thẳng giữa các dân tộc, cùng những bất đồng về thần học đã được khơi dậy trong thế kỷ trước. Công đồng cũng không ngăn chặn được cuộc ly giáo và các cuộc chiến tại Bohemia (Chiến tranh Hussite) khi người dân xứ này nổi dậy phản kháng việc xử tử Jan Hus.[3]

Những biến động lịch sử thường sản sinh nhiều tư duy mới về lề lối cần có để tái tổ chức xã hội, và đây là trường hợp dẫn đến cuộc Cải cách Tin Lành. Nối tiếp sự sụp đổ của các định chế tu viện và học thuyết kinh viện tại Âu châu vào cuối thời kỳ trung cổ, với đỉnh điểm là thời kỳ Triều Giáo hoàng tại Avignon, sự tranh chấp thẩm quyền giữa hai triều Giáo hoàng, và sự thất bại của các nỗ lực cải cách dựa vào công đồng.

Thế kỷ 16 chứng kiến sự sôi sục của cuộc tranh luận lớn về cải cách tôn giáo và, sau này, về những giá trị tôn giáo căn bản. Đại thể, các sử gia cho rằng rào cản của những nỗ lực cải cách trước đó (quá nhiều quyền lợi khác biệt, thiếu sự phối hợp để có thể hình thành một liên minh cải cách) sẽ dẫn đến các biến động nghiêm trọng hơn, hoặc ngay cả một cuộc cách mạng, vì hệ thống hiện hữu hoặc phải tự điều chỉnh hoặc sẽ bị tan rã, và sự thất bại của phong trào cải cách dựa vào công đồng giáo hội (conciliar movement) đã dọn đường cho cuộc Cải cách Tin Lành tại Tây Âu. Những phong trào cải cách thiếu định hướng - từ chủ nghĩa hình thức, phong trào sùng kính đến Chủ nghĩa Nhân bản - nối kết với sức mạnh kinh tế, chính trị và thành phần xã hội góp phần làm gia tăng mối bất bình trong dân chúng đối với sự giàu có và thế lực của giai cấp tăng lữ đặc quyền, khuấy động sự bất mãn đối với tình trạng thối nát về đạo đức và tài chính của một giáo hội đang chìm đắm trong tinh thần thế tục.

Chủ nghĩa nhân bản Thời kỳ Phục hưng đem đến khí thế sục sôi chưa từng có trong giới khoa bảng, cùng lúc với mối quan tâm dành cho tinh thần tự do trong học thuật. Diễn biến không ngơi nghỉ trong các đại học là những cuộc tranh luận sôi nổi xoay quanh các chủ đề như bản chất của giáo hội, nguồn và phạm vi của thẩm quyền dành cho Giáo hoàng, các công đồng và các vương hầu.